تعقيدات السرطان ، القواسم المشتركة مفصلة في التحليل الجينومي الشامل

A massive undertaking involving more than 1,300 scientists from 37 countries reported in 23 papers shows the results of analyzing 47 million genetic changes in 2,600 genomes of 38 different tumor types. تظهر مهمة ضخمة شارك فيها أكثر من 1300 عالم من 37 دولة تم الإبلاغ عنها في 23 ورقة نتائج تحليل 47 مليون تغير جيني في 2600 جينوم من 38 نوعًا مختلفًا من الأورام. The Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) presented what the researchers called “the most comprehensive study of whole cancer genomes to date.” قدم تحليل السرطان الشامل للجينوم الكامل (PCAWG) ما أطلق عليه الباحثون "الدراسة الأكثر شمولًا للجينوم الكامل للسرطان حتى الآن".
بالاستفادة من أحدث تقنيات المعلوماتية التسلسلية والحاسوبية ، قام الباحثون ، مقسمون إلى 16 مجموعة عمل ، بفتح أبواب للتعقيدات الوراثية والشيوعية في السرطان ، وقدموا رؤى يمكن أن تحفز المزيد من الاكتشافات والعلاجات النهائية.
PCAWG analyzed whole genomes rather than the more common approach of sequencing only protein-coding regions. حلل PCAWG الجينومات الكاملة بدلاً من النهج الأكثر شيوعًا لتسلسل مناطق ترميز البروتين فقط. They produced 1,188 tumor transcriptomes to link RNA and DNA alterations and explored genetic drivers, tumor signatures, and virus DNA found in cancers. لقد أنتجوا 1188 نسخة من الأورام لربط تغيرات الحمض النووي الريبي والدنا واستكشفوا الدوافع الجينية وتوقيعات الورم والحمض النووي الفيروسي الموجود في السرطانات. These analyses generated more than 800 terabytes of data, roughly equivalent to the storage required for 200,000 movies. أنتجت هذه التحليلات أكثر من 800 تيرابايت من البيانات ، أي ما يعادل تقريبًا التخزين المطلوب لـ 200.000 فيلم.
PCAWG found cancer-driver mutations for 95% of cases, and that on average each cancer genome has four or five drivers. وجد PCAWG طفرات مسببة للسرطان في 95 ٪ من الحالات ، وأن لكل جينوم سرطان في المتوسط ​​أربعة أو خمسة دوافع. Sizable minorities of cancers showed signs of chromoplexy (17.8%) or chromothripsis (22.3%), reflecting complex and chaotic rearrangement processes. أظهرت أقليات كبيرة من السرطانات علامات على وجود الكروموسومات (17.8 ٪) أو chromothripsis (22.3 ٪) ، مما يعكس عمليات إعادة الترتيب المعقدة والفوضوية. The researchers found that genetic changes leading to cancer occur early on—sometimes decades in advance of diagnosis. وجد الباحثون أن التغيرات الجينية التي تؤدي إلى السرطان تحدث مبكرًا - وأحيانًا قبل عقود من التشخيص.
The investigation also uncovered genetic drivers in noncoding DNA, like noncoding regions of the tumor-suppressor gene TP53 and of the telomerase gene TERT. وكشف التحقيق أيضًا عن الدوافع الوراثية في الحمض النووي غير المشفر ، مثل المناطق غير المشفرة لجين كبت الورم TP53 وجين التيلوميراز TERT. Another PCAWG team characterized mutational signatures using more than 84 million somatic mutations from 4,645 whole-genome and 19,184 exome sequences to describe 81 signatures including single- doublet- and clustered-base-substitutions as well as small insertion-and-deletion signatures, many not previously identified. قام فريق آخر من PCAWG بتمييز التوقيعات الطفرية باستخدام أكثر من 84 مليون طفرة جسدية من 4645 جينوم كامل و 19184 تسلسل إكسوم لوصف 81 توقيعًا بما في ذلك بدائل القاعدة المزدوجة والتجميعية بالإضافة إلى تواقيع الإدراج والحذف الصغيرة ، والعديد منها لا حددت سابقا. In a first, another team identified 16 structural variants involving large rearrangements. في البداية ، حدد فريق آخر 16 متغيرات هيكلية تتضمن إعادة ترتيب كبيرة.
سلط تحليل للفيروسات المرتبطة بالسرطان الضوء على انتشار فيروس ابشتاين بار ، فيروس التهاب الكبد B ، وفيروس الورم الحليمي البشري.
All the PCAWG papers, published in Nature and related journals, are open access at nature.com/collections/afdejfafdb. جميع أوراق PCAWG ، المنشورة في مجلة Nature والمجلات ذات الصلة ، يمكن الوصول إليها بسهولة على nature.com/collections/afdejfafdb. The researchers' raw genome sequencing data and other resources also are available to researchers. تتوفر أيضًا بيانات تسلسل الجينوم الخام للباحثين والموارد الأخرى للباحثين.
التسمم الأفيوني يتفاقم عند الأطفال والمراهقين
About one-quarter of opioid poisonings occur in children and adolescents, and poisoning incidents have become more severe in recent years, according to an abstract presented at the Society of Critical Care Medicine's annual congress. يحدث حوالي ربع حالات التسمم بالأفيون لدى الأطفال والمراهقين ، وأصبحت حوادث التسمم أكثر حدة في السنوات الأخيرة ، وفقًا لملخص قدم في المؤتمر السنوي لجمعية طب الرعاية الحرجة. The retrospective study of more than 750,000 opioid poisoning cases reported to the National Poison Data System from 2005 to 2018 found that 27.5% (207,543) of cases occurred in patients younger than age 19. وجدت الدراسة بأثر رجعي لأكثر من 750.000 حالة تسمم أفيونية تم الإبلاغ عنها للنظام الوطني لبيانات السموم من 2005 إلى 2018 أن 27.5٪ (207.543) من الحالات حدثت في المرضى الذين تقل أعمارهم عن 19 عامًا.
Trend analysis over three eras (2005–2009, 2010–2014, and 2015–2018) showed that the percentage of patients admitted to critical care units and deaths increased over time; أظهر تحليل الاتجاهات على مدى ثلاثة عصور (2005-2009 ، 2010-2014 ، 2015-2018) أن النسبة المئوية للمرضى الذين تم إدخالهم إلى وحدات الرعاية الحرجة والوفيات زادت بمرور الوقت ؛ 6.6%, 8.5%, and 9.6% and 0.18%, 0.20%, and 0.28%, respectively. 6.6٪ و 8.5٪ و 9.6٪ و 0.18٪ و 0.20٪ و 0.28٪ على التوالي. The probability of having a moderate or major effect also rose, by 0.55% and 0.11%, respectively. كما ارتفع احتمال وجود تأثير معتدل أو كبير ، بنسبة 0.55 ٪ و 0.11 ٪ على التوالي.
ازدادت حالات التسمم الأفيونية بقصد الانتحار على مدى الفترات الزمنية الثلاث من 13.9٪ إلى 21.2٪.
في تقرير منفصل نُشر ، قال الباحثون إنهم لاحظوا توزيعين في ذروة العمر للتسمم الأفيوني ، في الأطفال من حديثي الولادة إلى سن 4 وفي المراهقين من 15 إلى 19 عامًا تقريبًا.
الإدارات الطارئة أكثر من الاختبار لالتهاب الرئتين المزمن
يتم استخدام التصوير الوعائي الرئوي المقطعي المحوسب (CTPA) بشكل مفرط في العمل التشخيصي للانسداد الرئوي (PE) ، مما يؤكد "الحاجة الملحة لنشر وتنفيذ البروتوكولات للحد من مسح CTPA منخفض الإنتاجية" ، بما في ذلك اختبار D-dimer ، وفقًا للمؤلفين دراسة فحص ممارسات قسم الطوارئ (ED) التي تنطوي على الاختبارات ذات الصلة PE (نتائج سيرك Cardiovasc المؤهلة 2020 ؛ 13: e005753).
The study, a cross-sectional analysis of electronic health record and billing data from 16 EDs in Indiana and 11 hospitals in the Dallas-Fort Worth area, identified ED patients who underwent any of the following, including D-dimer testing, CTPA, scintillation ventilation perfusion lung scanning, or pulmonary angiography. حددت الدراسة ، وهي تحليل مستعرض للسجلات الصحية الإلكترونية وبيانات الفواتير من 16 EDs في إنديانا و 11 مستشفى في منطقة Dallas-Fort Worth ، مرضى ED الذين خضعوا لأي مما يلي ، بما في ذلك اختبار D-dimer ، CTPA ، التلألؤ نضح التهوية مسح الرئة ، أو تصوير الأوعية الرئوية. Out of 1.83 million patient encounters, 5.3% had a diagnostic test for PE. من بين 1.83 مليون مريض واجهوا 5.3٪ اختبار تشخيصي لـ PE. Nearly 60% of all patients who had tests for PE underwent CTPA without D-dimer testing. ما يقرب من 60٪ من جميع المرضى الذين خضعوا لاختبارات PE خضعوا لـ CTPA بدون اختبار D-dimer. About 21% of CTPA took place in women younger than age 45, who are at greater risk of cancer from CTPA radiation exposure, according to the authors. ووفقاً للمؤلفين ، فإن حوالي 21 ٪ من CTPA حدثت في النساء الأصغر من 45 عامًا ، اللاتي أكثر عرضة للإصابة بالسرطان من التعرض للإشعاع.
كان العائد التشخيصي المجمع لـ CTPA لـ PE 3.1 ٪ ، بمعدل 1.3 ٪ في إنديانا EDs ، و 4.8 ٪ في مرافق دالاس فورت وورث.
كان المرضى في إنديانا أقل احتمالا من المرضى في دالاس فورت وورث للحصول على اختبار D-dimer قبل CTPA (30٪ مقابل 52٪ على التوالي) ، مما قد يعكس تأثير مبادرة تحسين الجودة المستهدفة التي حدثت في دالاس فورت وورث لزيادة استخدام اختبار D-dimer في المرضى منخفضي المخاطر.
The data imply that “D-dimer ordering correlates with an increased yield rate of PE on CTPA,” wrote the investigators. وكتب المحققون أن البيانات تشير إلى أن "ترتيب D-dimer يرتبط بزيادة معدل العائد من PE على CTPA". “This relationship suggests but does not prove a positive cause-effect relationship between rate of D-dimer ordering and PE yield.” "تقترح هذه العلاقة ولكن لا تثبت وجود علاقة إيجابية بين السبب والنتيجة بين معدل ترتيب D-dimer وعائد PE."